预算收入是单位开展业务活动或行使职能时依法取得的非偿还性资金。当单位收到财政拨款时，预算会计借方记录“资金结存”，贷方记录“财政拨款预算收入”。例如某事业单位收到财政部门拨入的日常运行经费50万元，分录为借：资金结存—货币资金 500，000，贷：财政拨款预算收入—基本支出 500，000。注意这里的资金结存科目需根据资金形态细分为库存现金、银行存款或零余额账户用款额度。
对于非财政拨款收入，如事业单位通过提供服务取得的经营收入，预算会计同样要反映。收到经营收入时，借记“资金结存”，贷记“经营预算收入”。在编制分录时，必须同时确认该笔收入是否属于当年预算，跨年收入需通过“财政应返还额度”等科目过渡。这种双重确认机制能有效防止预算收支错位。
实际操作中，收入分录容易混淆的是财政直接支付与授权支付的处理。财政直接支付下，单位不直接经手资金，而是由财政部门直接支付给供应商，此时预算会计借记“事业支出”等科目，贷记“财政拨款预算收入”。授权支付下，单位使用零余额账户支付，分录则体现为资金结存与预算收入的对应关系。
收入退回的处理也是常见难点。当已入账的预算收入因故退回时，需要冲减原分录。例如收到拨款后发现多拨10万元需退回，则做相反分录：借：财政拨款预算收入 100，000，贷：资金结存 100，000。注意不能直接删除原凭证，必须通过红字冲销或蓝字相反分录处理，以保留完整审计轨迹。
预算支出分录反映单位按照预算用途使用资金的过程。当单位支付日常办公费用时，预算会计借方记录“事业支出”等支出科目，贷方记录“资金结存”。
例如购买办公用品支付2万元，分录为借：事业支出—基本支出—商品和服务支出 20，000，贷：资金结存—零余额账户用款额度 20，000。支出科目必须细化到功能分类和经济分类，这是预算执行分析的基础。
在人员经费支出方面，工资发放的分录涉及多个环节。计提工资时不做预算会计处理，实际发放时借记“事业支出—基本支出—工资福利支出”，贷记“资金结存”。同时，代扣的个人社保和公积金部分，预算会计中通过“事业支出”和“资金结存”的对应关系体现，但不需要单独设置往来科目。这种处理方式与企业会计的应付职工薪酬核算逻辑完全不同。
项目支出分录需要特别注意专款专用原则。每个项目应设置独立的项目编码，支出发生时在“事业支出—项目支出”下按项目辅助核算。比如某科研项目购买设备30万元，分录为借：事业支出—项目支出—资本性支出 300，000，贷：资金结存 300，000。月末需要按项目归集支出，并与项目预算批复进行比对，及时纠正超支或串项问题。
跨年支出是预算会计处理的难点之一。
年末时，对于尚未支付的应付款项，预算会计不确认支出，而是待实际支付时再记录。这与财务会计的权责发生制形成差异。例如12月收到发票但次年1月才付款，12月的预算会计不做分录，1月付款时借记“事业支出”，贷记“资金结存”。这种时间差需要在年度决算报告中重点说明。
资金结存是预算会计中的核心科目，它连接着收入与支出两端。该科目下设“货币资金”、“零余额账户用款额度”和“财政应返还额度”三个明细科目。当单位收到财政拨款时，资金结存增加；支出发生时，资金结存减少。月末余额反映单位可动用的预算资金额度，这个数据是编制下月用款计划的重要依据。
零余额账户用款额度的核算是资金结存管理的重点。单位在额度内支付时，借记支出科目，贷记“资金结存—零余额账户用款额度”。如果额度年末有结余，需要转为财政应返还额度。分录为借：资金结存—财政应返还额度，贷：资金结存—零余额账户用款额度。下年初恢复额度时再做相反分录。这种结转机制确保了财政资金不跨年闲置。
资金结存与财务会计的银行存款科目存在对应关系，但两者核算口径不同。财务会计的银行存款反映单位实际拥有的货币资金，而资金结存仅反映纳入预算管理的资金。例如单位收到一笔捐赠收入，财务会计存入银行存款，但预算会计需要判断该捐赠是否纳入预算，若未纳入则不做分录。这种差异要求会计人员具备双分录思维。
政府采购业务中，预算会计需要与财务会计同步处理。单位通过政府采购方式采购资产时，收到资产时财务会计确认固定资产和资产基金，预算会计则在实际支付款项时确认支出。例如采购电脑5万元，支付时借：事业支出 50，000，贷：资金结存 50，000。这种先采购后付款的模式下，预算支出确认时间与资产入账时间可能不同步。
借款转拨款业务在科研单位较为常见。单位向上级借款用于项目启动，后期上级批准将借款转为拨款时，预算会计需要调整分录。借款时借：资金结存，贷：其他应付款（预算会计不设此科目，实际通过“其他结余”过渡）；转拨款时借：其他结余，贷：财政拨款预算收入。这种处理体现了预算资金性质的变更。
坏账和资产处置的预算会计处理与企业会计完全不同。预算会计不设置坏账准备科目，应收账款无法收回时，预算会计不做任何分录，因为当初确认收入时已全额入账。资产处置时，出售收入纳入预算，借记“资金结存”，贷记“其他预算收入”；处置费用列支支出，借记“其他支出”，贷记“资金结存”。这种收付实现制下，不反映资产账面价值与处置损益的差额。
内部调剂资金的分录需要谨慎处理。单位内部两个项目之间调拨资金时，预算会计不能直接调整支出科目，而应通过资金结存过渡。例如A项目调给B项目10万元，先做A项目的支出负数分录，再做B项目的支出正数分录。这种操作必须附有书面的资金调剂审批单，并在辅助核算中注明调出和调入项目编号。
